(三)对不高于无风险投资收益率的出资者回报免征所得税
　　我国的教育和医疗体制改革结果证明，完全依靠市场来提供公共服务或公共产品是行不通的，但公共服务全部提供“免费午餐”也是脱离现实的。经济学的“理性人”理论告诉我们，追求个人私利是人类的本能。只有设法建立起一个基于人类这一本能的、使个人利益与社会利益协调发展的制度框架，使“看得见的手”和“看不见的手”对个人利益和社会共同利益进行自动调整，才能使二者最终达到和谐和一致。因 此，非营利组织所得税制既要鼓励社会资金支持社会公益事业，又要抑制不正当的出资回报率。
　　以民办学校为例，《中华人民共和国民办教育促进法》(2002年12月28日第九届全国人民代表大会常务委员会第三十一次会议通过)第五十一条规定：“民办学校在扣除办学成本、预留发展基金以及按照国家有关规定提取其他的必需的费用后，出资人可以从办学结余中取得合理回报”。这里的关键是如何确定出资人的“合理回报”。营利组织投资者期望收益率的确定遵循收益与风险均衡原理，其基本关系是风险越大要求的收益率越高。用公式表示如下：
　　营利组织投资者期望收益率=无风险投资收益率+风险投资收益率
　　但非营利组织以社会公益为目标，与营利组织的纯商业性行为存在显著差异，出资人的出资如果认定为风险投资有违非营利宗旨。因此，非营利组织出资者出资风险投资收益率期望值应当为零。根据上式我们很容易得出结论：非营利组织出资者的期望出资回报率=营利组织无风险投资收益率。如果无风险收益率也不能获得，表明非营利组织出资人没有获得合理回报，对自筹资金并承担组织营运风险的非营利组织出资人显失公平。因此，无风险收益(如银行存款利率、国库券收益等)可以作为出资人“合理回报”的上限；即非营利组织出资者获取的“回报”，只要未超过无风险收益率，就不违背“非分配约束”规则。在确定应纳税所得额时，应将出资人“合理回报”从非营利组织全部所得中扣除，并免征个人所得税。
　　
　　(四)对非限定性净资产增长率超过规定标准的，实行超额累进税率征收净资产税
　　非营利组织的盈余保留应遵循代际公平原则。“代际公平”理论最早由美国国际法学者爱迪·B·维丝提出，它是可持续发展原则的一个重要内容，指当代人和后代人在利用自然资源、满足自身利益、谋求生存与发展上权利均等；即当代人必须留给后代人生存和发展的必要环境资源和自然资源。这是可持续发展战略的重要原则。非营利组织的营利性行为获取的盈余，同样应遵循代际公平原则。保留盈余过少，可能会损害后代人利益；保留盈余过多又可能损害当代人的利益，且有变相逐利之嫌。
　　衡量非营利组织是否遵循代际公平原则的重要指标是非限定性净资产增长率。其计算公式为：
　　非限定性净资产增长率=非限定性净资产本期增加额／期初非限定性净资产
　　非营利组织的净资产分为限定性净资产和非限定性净资产。限定性净资产是指非营利组织资源提供者或者国家有关法律、行政法规对资产或资产所产生的经济利益的使用所设置的时间限制或(和)用途限制。因此，非营利组织无法控制限定性净资产的变动。而非限定性净资产是非营利组织没有时间限制或(和)用途限制的净资产，主要包括：期末非营利组织的非限定性收入的实际发生额与成本费用实际发生额的差额，以及由限定性净资产转为非限定性净资产的净资产。为不断增强非营利组织的服务能力，非限定性净资产应当保持适度增长，过快增长有违代际公平原则。在我国民政部登记管理并已公布2009年度工作报告的41家基金会，非限定性净资产年末大于年初3.5亿元，平均增长14.47％，占当年全部收入的10.35％；但非限定性净资产年增长率很不平衡，有10家基金会非限定性净资产年增长率超过100％，这表明少数非营利组织可能违背代际公平原则。因此，税法应当明确规定非限定性净资产年增长率，对超过净资产增长率标准的非限定性净资产，按超额累进税率征收净资产税。但如果5年内净资产增长达不到标准的非营利组织，税务部门可退还部分所征净资产税，弥补净资产增长不足。
　　
　　(五)依社会服务总量确定管理费用的税前扣除额
　　所谓管理费用，是指非营利组织为组织和管理组织的业务活动而发生的各项费用，该项费用占社会服务总量的比重体现了非营利组织的行政管理效率，也反映了非营利组织是否存在行政办公支出比例过高的问题。例如，由民政部登记管理并公布2007年度工作报告的28家民办非企业单位，管理费用占当年全部收入的14.23％，占当年全部费用的23.82％，而业务活动成本只占当年全部费用的58.85％，且存在较大的不平衡性，9家民办非企业单位的管理费用甚至高于当年的全部收入，5家管理费用等于当年费用。因此，为促进非营利组织更多更好地履行服务公益使命，税法应依社会服务总量或公益支出乘以管理费用提取比例来计算税前扣除额，而管理费用提取比例由公益支出占本年度收入或上年度收入的比重来确定，比重越大，提取管理费用的比例越高；对于非营利组织实际管理费用超出规定标准的差额，则按营利组织的标准征收所得税。