《易》之为书，……六十四卦、三百八十四爻，皆所以顺性命之理，尽变化之道也。散之在理，则有万殊；统之在道，则无二致。

他在“乾卦·初九下”指出：“理无形也，故假象以显义。”这是贯穿整部《伊川易传》的基本思想。譬如，（一）其解《乾卦·文言》“嘉会足以合体”说：“不合礼则非理，岂得为嘉？非理，安有亨乎？”又解同篇“亢之为言也”一句道：“极之甚为亢。至于亢者，不知进退存亡得丧之理也。”（二）其解《履卦》卦名说：“履，人所履之道也。……上下各得其义，事之至顺，理之至当也。”（三）其解《损卦》卦义说：“损之义，损人欲以复天理也。”又解《解卦》卦义曰：“物无终难之理，难极则必散，解者散也。”（四）其解《困卦》上六之义云：“物极则反，事极则变。困既极矣，理当变矣。”又解《益卦》上九象辞“莫益之，……或击之”一句道：“理者，天下之至公；利者，众所同欲。苟公其心，不失其正理，则与众同利，无侵于人，人亦欲与之。”解《讼卦》九四“复即命”曰：“命谓正理。”解《咸卦》九四爻辞“憧憬往来，朋从尔思”发挥道：“天下理一也。……虽物有万殊，事有万变，统之以一，则无能违也。”（五）其解《豫卦·彖传》“豫顺以动”道：“天地之道，万物之理，惟至顺之理而已。”又解《复卦·彖传》“复见其天地之心乎”说：“消长相应，天之理也。”（六）其解《无妄卦》卦辞“元亨利贞”道：“无妄有大亨之理。”解《暌卦·彖传》“天地暌而其事同也”一句说：“生物万殊，暌也。……物虽异而理本同，故天下之大，群生之众，暌散万殊，而圣人为能同之。”又解《归妹卦·彖传》“归妹，天地之大义也”曰：“一阴一阳之谓道，阴阳交感，男女配合，天地之常理也。”诸如此类的事例，在《伊川易传》中俯拾皆是，不胜枚举。

朱熹完成了以“天理”论为指导遍注儒经的工作，更建构起以“天理”论为哲学理论基础的经学思想体系。其主要特色表现在下列三方面：

一是经、传相分，直求经文之本义。朱熹治经，首重经、传相分，将之作为最基本的经学方法论原则。如其把《大学》首章视为经，乃“孔子之言，而曾子述之”，其下十章则是“曾子之意而门人记之”，故为传；（101）其对于《周易》分为上、下经和“十翼”两个部分，以后者为“传”；（102）其对于《诗》提出：“风、雅之正则为经，风、雅之变则为传”；（103）其对于《礼》，认为“《仪礼》，礼之根本；而《礼记》乃其枝叶”，《礼记》“乃秦汉上下诸儒解释《仪礼》之书”，（104）并批评王安石“废罢《仪礼》，而独存《礼记》之科，弃经任传、遗本宗末，其失已甚。”（105）他如此强调经、传相反，意在克服只讲传注、不重经义，只重阐发传注之义理、不顾经文本义的偏弊。至于朱喜本人治经则十分强调探求经文本义，如其谓：

读书如《论》、《孟》是直说日用眼前事，文理无可疑。先儒说得虽浅，却别无穿鑿坏了处。如《诗》、《易》之类，则先儒穿鑿所坏，使人不见当初立言本意。此又是一种功夫，直是要人虚心平气本文之下，打叠交空荡荡地不要留一字先儒旧说，莫问他是何人所说、所尊、所亲、所憎、所恶，一切莫问，而惟本文文意是求，则圣贤之指得矣。（106）

他注意到在解经者与圣贤立言本意之间存在着先儒旧说，圣贤本意见之于经文则为“本义”，要探求“圣贤之指”就需超越先儒旧说，“一切莫问而惟本文文意是求”。从这种思想出发，朱熹对于一切先儒旧说、甚至包括孔子的言论，只要其与经文本义有所不合，都提出异议，如在《诗》学方面，他批评“《诗序》多是后人妄意推想诗人之美刺，非古人之所作也。”《诗序》作者“只缘序者立例，篇篇要作美刺说，将诗人意思尽穿鑿坏了！”由于《诗》三百篇中有部分“淫奔”人自作的“淫奔”之诗，故而孔子对《诗经》的看法亦不尽确：“只是‘思无邪’一句好，不是一部《诗》皆是‘思无邪’。”（107）所以，在《诗》学上对孔子也不能盲目崇信。

二是重训诂辨伪，通经求理。朱熹以义理为指导从事训诂、考据、辨伪，他尝“窃谓生于今世而读古人之书，所以能别其真伪者，一则以其义理之所当否而知之。”（108）指出古今时代不同，文字亦有异，要办别经书之真伪需根据“其义理之所当否”来识别，即以义理及其内在逻辑为依据来辨别真伪。他由此出发详考《尚书》，黜伪孔《传》和《序》，并疑传信已久的《书序》，指出：“……今孔《传》并《序》皆不类西京文字气象，未必真安国所作，只与《孔丛子》同是一手伪书。”（109）又疑伪《古文尚书》，说：“某尝疑孔安国《书》是假书。……况孔《书》至东晋方出，前此诸儒皆不曾见，可疑之甚！”（110）这观点对后人影响很大，清儒阎若琚等就是受之启发而分辨今、古文《尚书》，考定《古文尚书》为伪的。朱熹以“经”为本，却又并不一概废弃传注；对于先儒注解经文之说，他还是相当重视的，甚至主张把传注与经文合为一道看，以传注解经。这里强调的经、传结合与前边提及他所提倡的经、传相分，实为同一问题的两个不同方面，其目的都是为了以“经”为本，探明经文本旨，两者相辅相成（经、传相分，意在避免以传代经之弊；经、传相合则是重在通过借鉴前人对经的训诂注疏来探明经文本义）。他指出：

学者观书，先须读得正文，记得注解，成诵精熟。注中训释文意、事物、名义，发明经指，相穿纽处，一一认得，如自己做出来底一般，方能玩味反复，向上有透处。

若不如此，只是虚设议论，如举业一般，非为己之学也。（111）

他据之而反对把经文、传注脱离开来作两项功夫看待，强调二者合一乃为了解经，说：“蓋平日解经，最为守章句者，然亦多是推衍文义，自做一片文字。非惟屋下架屋，说得意味淡薄，且是使人看者将注与经作两项功夫做了，下梢看得支离，至于本旨全不相照。以此方知汉儒可谓善说经者，不过只说训诂，使人从此训诂玩索经文，训诂、经文不相离异，只做一道看了，直是意味深长也。”（112）他在这里既看到汉儒有“只说训诂”的缺陷，又赞扬汉儒为“善说经者”，这与其他宋学学者或者拘守则需陈说、或者全然轻忽汉儒经说的观点有别，而其本人的治经之法则既与汉儒有一定相通之处，又与汉儒有显明区别，这使他对同时代学者颇有批评，如谓：“祖宗以来，学者但守注疏，其后便论道，如二苏直是要论道，但注疏如何弃得！”（113）需要指出，朱熹重训诂注疏、以传注解经，目的是为了通经，而通经的目的则是为了求“理”。其所谓理乃指二程所发明的“天理”，这丧明他治经以倡明“天理”为最终目的，而“天理”论则既是其治经的指导思想，又是其经学思想的哲学理论基础。他说：

经之有解，所以通经；经既通，自无事于解，借经以通乎理耳。理得，则无俟乎经。（114）

后世学者批评程朱提倡“天理”论，离“经”言“道”，重境界而轻实际，有禅悦之风，如顾炎武指责程、朱“所谓理学，禅学也，不取之《五经》而但资之‘语录’，校诸帖括之文而尤易也。”（115）其实，理学。特别是欺流虽有空疏之弊，但仅就朱熹而言，从来没有对经学产生丝毫轻视之意，而是十分重视经学的。姑且不论其一系列系统性的经学著作，即使是其受到顾氏指责的“语录”亦与经学有不可分割的内在关联。《朱子语类》多是就经典的某一句话提出一种见解，尽管往往一麟半爪，缺乏系统性和体系性，这在今人看来多为无用之言，而在当时传统经学注疏长期占支配地位的时代里却使人耳目为之一新，不少儒者通过习诵“语录”感受到确有重新理解儒经的必要。“语录”之学是经典文化语境下的产物；如果没有对经典文化的深刻理解，那末，“语录”就会成为全然摸不着头脑的“话头”，那就真的是“禅学”了。所以，要将《朱子语类》同朱熹的经学论著合而读之，细细体味，方能真正理解朱氏经学思想及其以“天理”论为核心的整个理学思想体系。当然，朱熹以“天理”论为指导解经治经，既超越传注，直探经文之本义；又在通经的基础上，重在阐发义理。而当本义与义理发生矛盾时，则以阐发义理为主，不仅增补经文以说理，而且删增经传文字以义理释之，甚至不惜引用伪托之书以阐发圣人相传之心法（如其一方面疑伪《古文尚书》，另方面却又将其中的十六字即“人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中”奉为历圣相传之心法（116）。这从纯学术角度看显然是不严谨的，但正是这不严谨使朱熹完成了经学思想上的重大创新，并将儒学推向思想理论上的发展高峰，从而得以成功地应对了释、老二